Denis Gougeon a plus de 80 œuvres à son actif qui vont du solo à l'orchestre, de la musique concertante (piano, guitare, cor anglais, piccolo) à l'opéra de chambre, mais également du conte musical jusqu'au ballet. La SMCQ, le NEM, la soprano Marie-Danielle Parent, la Société Radio-Canada, l'OSM, l'Arsenal à musique, le quatuor Erato de Bâle, le New Music America Festival, les Percussions de Strasbourg, le Bayerisch Estaatsballett de Munich, le Ballet national d'Oslo en Norvège, l'ensemble Lights d'Adelaide en Australie comptent parmi quelques-uns des principaux commanditaires et interprètes de ses œuvres. En 1989 il était nommé compositeur résidant à l'Orchestre symphonique de Montréal, le premier a occuper ce poste. Il a collaboré avec Gilles Vigneault pour la création d'un conte musical original intitulé Le Piano muet publié en audio-livre depuis 2002. Sa grande polyvalence l'a conduit à collaborer avec le réputé Théâtre UBU de Montréal pour lequel il a composé la musique de 7 spectacles : Roberto Zucco, Maîtres anciens, Le Passage de l'Indiana, Nathan Le Sage présenté en ouverture du Festival d'Avignon 1997. Il a composé la musique des spectacles Intérieur de Maurice Maeterlinck, présenté à Montréal et en France, et Au cœur de la Rose de Pierre Perrault. Il a également composé la musique du spectacle Quelqu'un va venir de Jon Fosse présenté au Théâtre français du Centre National des Arts d'Ottawa ainsi qu'à Montréal. Le prestigieux Bayerisch Estaatsballett de Munich a créé en 1999 EMMA B., un ballet de deux heures pour grand orchestre, présenté au National Theater de Munich. Ce ballet chorégraphié par Jean Grand-Maître s'inspire de Madame Bovary de Gustave Flaubert. Liaisons dangereuses, une autre musique de ballet pour orchestre, librement inspirée du célèbre livre de Laclos, a été créée en 2000 à Oslo par le Ballet national de Norvège. Denis Gougeon a siégé au conseil d'administration du Conseil des Arts et des Lettres du Québec de 1998 à 2000. En novembre 2000, lors du Gala des Prix Opus, il recevait le Prix du Compositeur de l'année décerné par le Conseil québécois de la Musique. Il a reçu le Prix Jan V. Matejcek pour la musique de concert décerné par la Socan en 2001 et 2002. Ce prix est remis au compositeur dont les œuvres ont été jouées le plus souvent à la radio et en concert à travers le Canada. En juin 2001, il a été nommé professeur de composition à la Faculté de musique de l'université de Montréal.